La huella de los antibióticos en la microbiota

La huella de los antibióticos en la microbiota

La microbiota, el conjunto de microorganismos vivos –bacterias, virus, hongos y arqueas– que habitan en nuestro organismo, ha adquirido relevancia en los últimos años por el papel que su cuidado desempeña en la salud a lo largo de la vida y sobre la longevidad, como han demostrado las últimas investigaciones. “Hay más de 300 enfermedades que se asocian con alteraciones en el equilibrio de la microbiota intestinal”, explica Rosaura Leis, catedrática de Pediatría de la Universidad de Santiago de Compostela y presidenta de la Sociedad Española de Microbiota, Probióticos y Prebióticos (SEMiPyP).

Una cuestión de tiempo

Ese conjunto de microorganismos mantiene un equilibrio, en cierto modo precario, que se puede romper con una mala alimentación, pero también con el consumo de fármacos como los antibióticos. “Aunque estos medicamentos combaten las causas de una infección, también eliminan muchos de los microorganismos que conviven con nosotros y cumplen funciones esenciales, como ayudar en la digestión, producir vitaminas o modular el sistema inmunitario, lo que altera el equilibrio de la microbiota”, señala Inés Rivera, miembro del grupo de trabajo de Digestivo de la Sociedad Española de Médicos de Atención Primaria (Semergen).

Un estudio publicado este año en la revista Nature Medicine ha constatado que algunos antibióticos –como la clindamicina, las fluoroquinolonas y la flucloxacilina– dejan una huella sobre la microbiota de las personas que los consumen y ese rastro se puede mantener durante años. Para Rafael Valdés, investigador principal del grupo de Microbioma y Fisiología Clínica del Cima Universidad de Navarra, los resultados de este estudio dejan dos conclusiones importantes: “Por un lado, que los antibióticos salvan vidas cuando están bien indicados. Por otro, no son inocuos, lo que añade una razón más para utilizarlos solo cuando son necesarios”.

Su opinión la comparte Inés Rivera, que recuerda que, si bien durante años se ha insistido en el problema de la resistencia bacteriana por el mal uso de los antibióticos, ahora la evidencia científica demuestra que también hay otra cara de ese consumo innecesario: el impacto de estos fármacos sobre la microbiota.

En todo caso, como recuerda la portavoz de Semergen, lo normal, en la mayoría de las personas sanas, es que la microbiota tienda a recuperarse tras el consumo de antibiótico en un periodo que suele ir desde unos días hasta varias semanas: “Lo habitual es que en pocas semanas se recupere buena parte de la diversidad y de la función. Eso sí, la recuperación no siempre es idéntica a la situación inicial. Depende del tipo de antibiótico, la duración del tratamiento, la edad o la dieta, entre otros factores”.

La importancia de la dieta

Una investigación de la Universidad de Chicago (2025), realizada en ratones y publicada en Nature, apunta a que una dieta rica en fibra y baja en grasas puede restablecer la diversidad microbiana tras el consumo de antibióticos mejor que el trasplante fecal. Los expertos consultados refrendan estos resultados. “La alimentación es un factor clave en la modulación de la microbiota. En este sentido, la lactancia materna durante el primer año de vida resulta determinante para la colonización intestinal y favorece el desarrollo de una microbiota más saludable. A lo largo de la vida, la dieta –no solo el tipo de alimentos, sino también el momento de la ingesta o los periodos de ayuno– influye de forma decisiva en la aparición de disbiosis –el desequilibrio en la composición y función de la microbiota intestinal– y en la pérdida de diversidad microbiana”, argumenta Rosaura Leis.

Entre esos alimentos, hay tres grupos que han demostrado una mayor eficacia en la recuperación de la microbiota intestinal.

• Alimentos ricos en fibra vegetal y en carbohidratos complejos y variados. Una dieta en la que se incluyan frutas, verduras, legumbres, cereales integrales, semillas y frutos secos es la primera recomendación de todos los expertos consultados. “No se trata solo de comer fibra, sino de consumir muchos tipos distintos”, apunta Rafael Valdés. Rosaura Leis, por su parte, explica que la fibra que forma parte de algunos alimentos no es digerida y llega al colon, donde es fermentada por la microbiota. “Como resultado de esta fermentación se producen ácidos grasos de cadena corta, con importantes efectos beneficiosos gastrointestinales y metabólicos”, añade la investigadora Rosaura Leis.
• Prebióticos naturales. Dentro de la lista de alimentos ricos en fibra, hay algunos –como el ajo, la cebolla, el puerro, las alcachofas, los espárragos, el kiwi, el plátano, los frutos del bosque o la avena– que actúan como prebióticos naturales. “Son el alimento de nuestras bacterias beneficiosas. Dicho de forma sencilla, es el fertilizante que las bacterias beneficiosas necesitan para volver a crecer”, explica Inés Rivera. “Aunque en el mercado existen suplementos prebióticos, una dieta suficiente en cantidad, variada y que aporta todos los alimentos necesarios para cubrir las recomendaciones, no requiere suplementación para mantener la salud”, aconseja la presidenta de SEMiPyP.
• Alimentos fermentados. El yogur, el kéfir, el chucrut, el kimchi, la kombucha, el miso o el tempeh (soja fermentada) son productos que comienzan a estudiarse por su impacto sobre la microbiota. Estos alimentos han sido transformados por bacterias o levaduras, por lo que algunos pueden contener bacterias vivas con efecto probiótico y que, por tanto, pueden competir con patógenos, aumentar la diversidad microbiana y, de esta forma, allanar el terreno para la recuperación de la microbiota. “Sin embargo, no todos los fermentados son probióticos, solo algunos contienen microorganismos que cumplen los criterios para serlo”, matiza Rosaura Leis. Para ser considerados beneficiosos para la microbiota, sus microorganismos deben permanecer vivos, en cantidades suficientes y su cepa debe estar identificada y ser beneficiosa.

Como hemos visto, hay alimentos que nos ayudan a proteger nuestra microbiota, pero también hay productos que la dañan y que conviene reducir: los ultraprocesados. “Un alto consumo de estos productos se asocia con una disminución en la riqueza y variedad de microorganismos beneficiosos en el intestino”, argumenta Inés Rivera.

¿Y qué pasa con los suplementos?

Una recomendación tradicional para evitar el impacto del consumo de antibióticos sobre la microbiota es la suplementación con probióticos. Algunas investigaciones recientes, sin embargo, parecen sugerir que estos suplementos no muestran beneficios significativos para el microbioma intestinal tras el uso de antibióticos y que, incluso, podrían ralentizar la recuperación intestinal.

Eso, al menos, concluyeron dos investigaciones en las que participó Rafael Valdés, una publicada en Nature Microbiology y otra en Cell. “Comparamos tres escenarios: la recuperación espontánea, el trasplante de microbiota sana del mismo individuo y el uso de probióticos. Y vimos que la opción más eficaz era el trasplante de microbiota propia, seguida de la recuperación espontánea. En cambio, los probióticos retrasaban de forma notable la recuperación de la microbiota original”, explica el investigador del Cima Universidad de Navarra.

El trasplante de microbiota o fecal consiste en la recogida de microorganismos intestinales de una muestra fecal sana y en su preparación para implantarlos en una persona cuya microbiota ha sido alterada. “Si esa muestra procede del propio individuo antes del tratamiento antibiótico, mejor aún. Es una de las estrategias más eficaces que conocemos para acelerar la recuperación de la microbiota, por delante de la recuperación espontánea y del uso de probióticos”, argumenta Rafael Valdés.

Recientemente, Semergen y la Sociedad Española de Farmacia Clínica, Familiar y Comunitaria (SEFAC) han publicado un documento con recomendaciones basadas en la evidencia clínica actual sobre probióticos y microbiota intestinal. Para Inés Rivera es un error generalizar, ya que no se puede hablar de los probióticos como un todo. Esta guía de recomendaciones, de hecho, incide en que no todos los probióticos son iguales y que los efectos dependen de la cepa específica, la dosis y la indicación. “En la guía somos muy tajantes al respecto: la clave es la especificidad de la cepa. No vale cualquier Lactobacillus; el beneficio clínico depende del DNI completo de la bacteria. Si se usa la cepa adecuada para la diarrea asociada a antibióticos, no se entorpece, sino que se ayuda a restaurar el equilibrio y evita que proliferen patógenos resistentes”, afirma Rivera.

En ese sentido, la portavoz de Semergen apunta a que cepas concretas como Lactobacillus rhamnosus GG o Saccharomyces boulardii CNCM I-745 han demostrado en estudios reducir la incidencia y la duración de la diarrea asociada a antibióticos, especialmente si se inician de forma precoz. “No sustituyen a nuestra microbiota, pero pueden actuar como facilitadores mientras el ecosistema se recupera”, concluye.